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MaxQuant et Proteome discovere  

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(@ebrahim)
New Member
Joined: 3 semaines ago
Posts: 2
31/01/2019 4:22  

Bonjour, 

Est-ce qu'on peut travailler avec les résultats de MaxQuant ou de Proteome discoverer en Proline ou seulement les options mentionnées sont seulement pour la quantification ?

Si cela est possible, Que données utilisons et en quel forme les données doivent importer a Proline ?

Merci en avance


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(@christophe)
Member Admin
Joined: 1 mois ago
Posts: 5
31/01/2019 4:34  

Bonjour Ebrahim,

 

L'import des données d'identification MaxQuant est possible dans Proline, pour cela au moment de l'import il faut sélectionner le répertoire qui contient le fichier mqpar.xml de MaxQuant et qui contient également un sous répertoire nommé "combined" . Proline sélectionne dans ces répertoires les fichiers qui seront nécessaires à l'import.

Pour Proteome Discoverer je n'ai jamais regardé le format sous lequel les  données d'identification se présentent mais pour le moment il n'y a rien de prévu spécifiquement dans Proline. Cependant il y a la possibilité d'importer des données au format standard mzIdentML, donc si Proteome Discoverer est capable d'exporter dans ce format l'import dans Proline peut etre tenté (attention toutefois, il y a parfois des différences entres les fichiers mzIndentML exportés par différents outils, ce n'est donc pas toujours complètement simple)

 

Christophe


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(@ebrahim)
New Member
Joined: 3 semaines ago
Posts: 2
31/01/2019 5:28  

Merci Christophe pour votre réponse ici et au Gmail.

Bon j'ai place le ficher e fichier mqpar.xml et le dossier combined dans un dossier .  En proline après créer un new projec_identification_Import Maxquant Results.

  J'ai choisi l'instrument et software maxquant  et après j'ai filer tout le dossier qui contient (mqpar.xml  et combined) mais Proline n'importe aucune donnée.

Que je dois faire ?

 

 


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(@vero)
Member Admin
Joined: 1 année ago
Posts: 20
04/02/2019 10:44  

Bonjour

En fait l'import d'un résultat MaxQuant se fait en 3 temps :

  • Création et copie d'un fichier zip contenant :
    • <root_folder>\mqpar.xml
      <root_folder>\combined\txt\summary.txt
      <root_folder>\combined\txt\proteinGroups.txt
      <root_folder>\combined\txt\parameters.txt
      <root_folder>\combined\txt\msmsScans.txt
      <root_folder>\combined\txt\msms.txt
  • Import du résultat dans Proline
  • Création des datasets dans Proline pour représenter les différents Search Result importés (représentant les résultats pour les différents réplicats/acquisitions) 

Je pense que la première étape se passe bien mais que c'est à la seconde qu'il y a eu un problème.... 

Par conséquent dans Proline Studio, dans la vue  Log vous devriez voir les étapes qui se sont bien déroulées (comme dans le screenshot) et celle qui  a posé problème en rouge. 

Utilisez-vous la version Proline Zero 1.6.1  ou une version serveur ?

Vous serez-t-il possible de nous envoyer par mail (veronique.dupierris@cea.fr) le log serveur à la date de l'import Maxquant. Ce fichier log doit être sous <serveur_root>/logs/proline_cortex_debug_<date>.log . Dans le cas de Zero le <serveur_root> est Proline-Zero-1.6.1\Proline-Cortex-0.5.0

Merci

Bonne Journée

Veronique

 


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