pb visualisation volcano plot dans "FDR computation" en SC [From Previous Forum]

Qu'il soit possible ou non d'appliquer le calcul de FDR d'un point de vue logiciel (ie avec ou sans bug), je pense que cela n'a pas trop de sens d'un point de vue traitement de données.

En effet, le SC n'est pas une méthode de quantification à proprement parler: Cela donne un ordre de grandeur, tout au plus, mais certainement pas une quantification précise.
Dès lors, il peut sembler à première vue curieux de vouloir tester l'abondance différentielle à partir de données de SC. Cependant, comme à partir d'une modélisation béta-binomiale, il est possible de créer un test qui correspond parfaitement à de telles données, il est devenu acceptable de tester l'abondance différentielle de chaque protéine de la sorte.
Ensuite, comme le test est rigoureusement définit, rien n'empeche de réaliser plusieurs tests, et donc d'utiliser un FDR comme méthode de correction multiple.

Ainsi chaque étape de cet enchaînement fait mathématiquement sens. Cependant, dans sa globalité, c'est plus délicat: concrètement, on utilise un outil de controle des fausses découvertes (qui est déjà à manipuler avec des pincettes sur des quantification XIC pourtant plus rigoureuses) sur des données dont la quantification est réalisée "au doigt mouillé"... Je pense que l'interprétation du résultat final sera vraiment sujette à caution.

Finalement, il me semble plus pertinent, soit:
- de conduire une analyse quanti complète, en utilisant du XIC, et en allant jusqu'au contrôle du FDR
- de ne s’arrêter qu'à l'identification, et de n'utiliser le SC que comme un premier indice sur l'ordre de grandeur des abondances protéiques

voila... My two cents,
Thomas B.