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Sequence Repository  

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(@philipps-marie)
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Joined: 7 mois ago
Posts: 5
08/03/2019 10:59  

Bonjour,

Nous utilisons actuellement Proline Zero 1.6.1 et nous n'arrivons pas à accéder au recouvrement de séquence, qui est une donnée qui se trouve normalement dans l'onglet "Protein Sequence" lorsque l'on demande le "Protein Sets". Sous cet onglet il est marqué "Protein Sequence not available in database".

Pourriez-vous m'indiquer comment régler ce problème?

Cordialement,

Marie


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(@vero)
Member Admin
Joined: 2 ans ago
Posts: 33
08/03/2019 11:15  

Bonjour,

Je pense que vous utilisez un packaging de Proline sans SequenceRepository. Pouvez-vous vérifier que sous le répertoire Proline-Zero-1.6.1 vous avez un répertoire PM-SequenceRepository-0.7.0 ? 

Bonne Journée

Véronique


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(@philipps-marie)
Active Member
Joined: 7 mois ago
Posts: 5
11/03/2019 10:39  

Bonjour,

Je vous remercie pour votre réponse cependant les solutions que vous m'avez proposé n'ont pas fonctionné.

Auriez-vous d'autres solutions à me proposer?

En vous remerciant par avance pour votre réponse.

Bonne journée.

Marie


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(@vero)
Member Admin
Joined: 2 ans ago
Posts: 33
11/03/2019 10:48  

Bonjour,

Pourriez vous me dire dans quel cas vous vous trouvez ? 

"Pouvez-vous vérifier que sous le répertoire Proline-Zero-1.6.1 vous avez un répertoire PM-SequenceRepository-0.7.0 ?"

Et quel message d'erreur vous avez quand vous demandez le "Retrieve Protein Sequence"

Merci

Veronique

This post was modified 7 mois ago by Véronique Dupierris

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(@philipps-marie)
Active Member
Joined: 7 mois ago
Posts: 5
11/03/2019 4:05  

Bonjour,

J'ai vérifié sous le répertoire Proline-Zero-1.6.1 et il y apparaît bien le répertoire PM-SequenceRepository-0.7.0.

Je ne reçois pas de messages d'erreurs lorsque je demande le "Retrieve Protein Sequence" cependant il n'apparaît pas les données souhaitées dans l'onglet "Protein Sequence".

Marie


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(@vero)
Member Admin
Joined: 2 ans ago
Posts: 33
11/03/2019 4:21  

Dans ce cas, il doit s'agir d'un problème de configuration du module Sequence Repository... Ce module n'est pas le plus simple à configurer, il est vrai ! 

L'objectif de cette configuration est de permettre à Proline de retrouver l'identifiant de la protéine dans l'en-tête du fichier fasta afin de faire le lien entre les protéines importées dans Proline et celles décrites dans les fasta. De le même manière que l'on définit les "rules" dans Mascot.

Voici un post qui décrit la configuration :  http://www.profiproteomics.fr/forum/general-utilities/parsing-rules-for-sequence-repository/#post-8

Et une fois configurée, vous pouvez exécuter la commande : 

>run-TestConfiguration.bat 

pour tester la configuration. Ceci est décrit dans la documentation d'installation, dans la partie "Sequence Repository":  http://www.profiproteomics.fr/wp-content/uploads/2019/03/ProlineSuite_AdminGuide_2.0.docx.pdf#page=27

 

Si vous avez des difficultés pour cette partie,  nous pouvons vous aider si vous nous donnez un exemple d'entête fasta et l'ID qu'il faut extraire. 

Veronique


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