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(@alexandre)
New Member
Inscription: Il y a 8 mois
Posts: 3
29/11/2019 11:34  

Bonjour à tous,

Je travaille sur des modifications des protéines provoqués par des produits chimiques.

Pour réaliser l’analyse protéomiques, nous avons fait la recherche des spectres MS/MS par Mascot pour déterminer des modifications (Instrument : Q Exactive Thermo, Méthode de fragmentation : HCD). Cependant, j'ai trouvé que la Mascot a proposé beaucoup de protéines similaires qui partagent un même peptide modifié avec un même score (Par exemple: 2 protéines K1C14_HUMAN et K1C16_HUMAN partagent un même peptide modifié à la position K9: QFTSSSSMKGSCGIGGGIGGGSSR avec le même score 119.19). 

Donc, dans ce cas là, je dois choisir quelle protéine? Est-ce que c'est la faute de la recherche de Mascot? (J'ai fixé le FDR<1%)

Merci d'avance. 

 


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(@vero)
Membre Admin
Inscription: Il y a 2 ans
Posts: 35
29/11/2019 11:55  

Bonjour

Dans Proline, après l'import vous avez la liste de toutes les protéines identifiées avec les peptides qui ont permis leur identification, il n'y a pas de grouping qui est fait. Ensuite vous devez "valider" votre résultat (la description de la validation est faite ici "Concept validation" et comment effectuer la validation dans Studio est décrit ici : how to validate). La validation va également créé des protéines sets qui regroupent les protéines qui partagent un même ensemble ou un sous ensemble de peptides. Par exemple, si K1C14 et K1C16 ont le même ensemble de peptides ou si K1C14 est identifié par le même ensemble de peptides que K1C16  (qui elle a aussi été identifiée par d'autres peptides ) , alors ces deux protéines appartiendront au même ProteinSet... 

Est-ce bien là le problème ? Regardez vous le résultat brut (Search Result) ou le résultat validé (Identification Summary) .? 

J'espère avoir été claire et ne pas trop vous avoir embrouillé ... Sinon n'hésitez surtout pas à demander des précisions !

Bonne Journée

Veronique


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(@alexandre)
New Member
Inscription: Il y a 8 mois
Posts: 3
29/11/2019 12:45  

Bonjour Véronique,

Merci pour votre réponse très détaillée. Mais mon problème ici est que c'est le résultat déjà validé dans le Proline. 

Bonne journée,

Alex


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(@vero)
Membre Admin
Inscription: Il y a 2 ans
Posts: 35
29/11/2019 12:52  

Si le résultat est déjà validé et que vous avez 2 proteinSet K1C14 et K1C16 qui partage malgé tout 1 peptide c'est qu'elles ont toutes les 2 un peptide qui leur est spécifique. Et donc que l'on ne peut pas considérer qu'elles font partie d'un même proteinSet mais de 2... Est-ce bien ça ? Sinon vous pouvez m'envoyer un screenshot du problème (veronique.dupierris (at) cea.fr)

 


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(@alexandre)
New Member
Inscription: Il y a 8 mois
Posts: 3
29/11/2019 12:59  

J'ai rencontré plein problèmes comme ça. Donc, je vais vous envoyer un screenshot à votre mail. 

Merci beaucoup.

 


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