Concernant le 1er problème, il y a du avoir une erreur lors de la création du projet... C'est étrange ! je peux vérifier le log pour essayer de comprendre ? Mais le principal est que ca fonctionne sur un nouveau projet  !

Pour le problème de quanti, il me faudrait les logs coté serveur qui sont plus parlant (pour nous ... ) et éventuellement quelques précisions :

* Quelle version et quel type d'installation utilisez-vous (Proline Zero ou Proline Server)

* Quel type d'acquisition tentez-vous de quantifier ? 

Pour les logs, vous pouvez me faire parvenir un lien à mon @ . veronique.dupierris cea fr . Si besoin je peux vous dire où les trouver (en fonction du type d'installation que vous avez)

Bonne Journée

Véronique

J'ai pas mal de soucis avec la quantification label free dans proline.

Dans un 1er temps, j'ai eu ce message : Error while quantifying the dataset because Unable to acquire JDBC Connection. Le problème a pu être réglé en créant un nouveau projet et en refaisant l'import, la validation et la quantification dans ce nouveau projet. Comme ça fonctionnait dans ce nouveau projet, j'ai voulu faire la quantification d'une autre analyse. Cette fois, j'ai eu ce message :

Error while quantifying the dataset (java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException)

{"code":-32002,"data":[],"message":"Error while quantifying the dataset (java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException)"}

Qu'est ce que je dois faire pour corriger ce problème et aller au bout de ma quantification?

Merci!

Aurelie

A distribution will be given to you at training session.

Best Regards

Can you please send me Proline Zero packaged for 64 bits Linux OS?

Thank you

Misbah

En effet, j'ai pu reproduire le problème. Je suppose que pour lancer la quantification, vous cliquez-droit sur l'icone "Quantitations" dans l'arbre du bas à gauche... Par conséquent, on (dans le code de Proline) devrait créer un dataset d'identification de référence. A première vue on a un problème à ce moment-là. Je vais regarder.

En attendant pour contourner le problème, vous pouvez lancer la quantification à partie de l'arbre d'identification (en haut à gauche):

Pour cela, il faut faire un clique-droit sur le dataset à quantifier et choisir "Quantify > Residue Labelling"  dans le menu. Dans ce cas, ce sera le dataset de départ (celui sur lequel vous avez cliquez) qui sera le dataset d'identification de référence.

A noter que c'est parfois préférable d'utiliser ce chemin pour lancer une quantification, notamment lorsque l'on veut partir du travail de validation qui a été réalisé au préalable. Mais c'est surtout pour les quantifications Label Free où plusieurs datasets sont quantifiés...

J'espère avoir répondu à votre problème. Si ce n'est pas clair ou si un autre problème apparait, n'hésitez pas !

Bonne Journée

Je cherche à quantifier une analyse Silac avec Proline, j'ai interrogé sous Mascot avec K 13:C et R 13:C en modif variable.

Dan Proline Studio il me demande "residus labeling parameters" pour le Heavy je rentre les modifications préalablement citées et pour le Light je ne mets rien. Pour les paramètres de recherche de pic recherche à 10ppm, delta RT 15s (clustering), map alignement 600s, pas de normalisation et cross alignement feature mapping 10ppm 60s. Il me met le message d'erreur suivant : "Error while quantifying the dataset because requirement failed: mergedIdentRsmIdOpt is not defined"

Pourriez vous m'aider à identifier le problème svp?

Merci.

Anne-Aurélie

• Mascot Modification: Propionyl on S / T  with different 'group'.
• Add Modification: Propionyl_ST on S / T in same group.

In Proline, after importing and running some process on a dataset corresponding to a Mascot search (B.dat) using Propionyl_ST, the modification associated with a peptide is "Propionyl (S1)" and not "Propionyl_ST (S1)"

--- 

Here is the explanation why this occurs. This problem is not fixed yet.

When you import a file A.dat with  Propionyl (S) and Propionyl (T) as variable PTMs and peptides with one of this modification, Proline

• creates a PTM object “Propionyl (S)” (idem for (T) ...)
• creates a peptide with a link to that PTM and with a “readable_PTM” property = “Propionyl (S1)”

When you import your new file B.dat, with  Propionyl_ST (ST) as variable PTM, and peptides with this modification : 

• before creating the PTM objects, Proline will verify that these PTMs do not already exist in your project. In this case,  Propionyl_ST in B.dat is the same PTM as  Propionyl in A.dat (same delta mass, same composition H(4) C(3)).
  So there is no new PTM created.
• during the import, the “readable_ptm” of the peptide is created from information read in the B.dat file. The readable_ptm = “Propionyl_ST (S1)” in the dataset from B.dat. So you don’t see that the PTM associated to this peptides is “Propionyl (S)” and not “Propionyl_ST (S)”. This is not a problem, PTMs are identical  !

Now, when you create a new dataset from the dataset “B.dat”, by merging it or using it for a quantitation.  The peptide’s “readable_ptm” property in this new dataset is created from the PTMs associated to the peptide. Here, it will use "Propionyl (S)" so the “readable_ptm” property of the peptide will be “Propionyl (S1)”.