J'ai pas mal de soucis avec la quantification label free dans proline.

Dans un 1er temps, j'ai eu ce message : Error while quantifying the dataset because Unable to acquire JDBC Connection. Le problème a pu être réglé en créant un nouveau projet et en refaisant l'import, la validation et la quantification dans ce nouveau projet. Comme ça fonctionnait dans ce nouveau projet, j'ai voulu faire la quantification d'une autre analyse. Cette fois, j'ai eu ce message :

Error while quantifying the dataset (java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException)

{"code":-32002,"data":[],"message":"Error while quantifying the dataset (java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException)"}

Qu'est ce que je dois faire pour corriger ce problème et aller au bout de ma quantification?

Merci!

Aurelie

Je cherche à quantifier une analyse Silac avec Proline, j'ai interrogé sous Mascot avec K 13:C et R 13:C en modif variable.

Dan Proline Studio il me demande "residus labeling parameters" pour le Heavy je rentre les modifications préalablement citées et pour le Light je ne mets rien. Pour les paramètres de recherche de pic recherche à 10ppm, delta RT 15s (clustering), map alignement 600s, pas de normalisation et cross alignement feature mapping 10ppm 60s. Il me met le message d'erreur suivant : "Error while quantifying the dataset because requirement failed: mergedIdentRsmIdOpt is not defined"

Pourriez vous m'aider à identifier le problème svp?

Merci.

Anne-Aurélie

• Mascot Modification: Propionyl on S / T  with different 'group'.
• Add Modification: Propionyl_ST on S / T in same group.

In Proline, after importing and running some process on a dataset corresponding to a Mascot search (B.dat) using Propionyl_ST, the modification associated with a peptide is "Propionyl (S1)" and not "Propionyl_ST (S1)"

--- 

Here is the explanation why this occurs. This problem is not fixed yet.

When you import a file A.dat with  Propionyl (S) and Propionyl (T) as variable PTMs and peptides with one of this modification, Proline

• creates a PTM object “Propionyl (S)” (idem for (T) ...)
• creates a peptide with a link to that PTM and with a “readable_PTM” property = “Propionyl (S1)”

When you import your new file B.dat, with  Propionyl_ST (ST) as variable PTM, and peptides with this modification : 

• before creating the PTM objects, Proline will verify that these PTMs do not already exist in your project. In this case,  Propionyl_ST in B.dat is the same PTM as  Propionyl in A.dat (same delta mass, same composition H(4) C(3)).
  So there is no new PTM created.
• during the import, the “readable_ptm” of the peptide is created from information read in the B.dat file. The readable_ptm = “Propionyl_ST (S1)” in the dataset from B.dat. So you don’t see that the PTM associated to this peptides is “Propionyl (S)” and not “Propionyl_ST (S)”. This is not a problem, PTMs are identical  !

Now, when you create a new dataset from the dataset “B.dat”, by merging it or using it for a quantitation.  The peptide’s “readable_ptm” property in this new dataset is created from the PTMs associated to the peptide. Here, it will use "Propionyl (S)" so the “readable_ptm” property of the peptide will be “Propionyl (S1)”.

En regardant d'un peu plus prêt les calculs de FDR faits dans Proline Studio (je suis sur la version 2.0), j'ai l'impression que le calcul réalisé pour une validation avec un FDR de 1% au niveau PSM utilise la formule pour les bases concaténées alors que j'ai fait une recherche decoy en base séparées.

FDR de 1 % : pour 108 PSM decoy et 21633 PSM target (soit plutôt 0.5% avec la formule utilisée pour des bases séparées).

J'ai bien vérifié, dans la page propriétés le mode target decoy est bien "separated".

Je ne comprends pas trop!

Merci pour vos explications! Très bonne journée,

Emmanuelle

Merci pour la nouvelle version 2.0 que je viens de télécharger.

J'ai un problème lors de l'importation de gros fichiers .dat (317Mo). Une erreur apparait: Java heap space.

Comment faire pour de tels fichiers? Y a  t il un moyen d'augmenter la taille de la mémoire de la machine virtuelle?

Cela fonctionne bien pour des fichiers.dat plus légers.

Remarque:j'avais réussi à importer ce fichier sous l'ancienne version 1.6.1.

Merci pour votre aide

Bien cordialement

Nous utilisons actuellement Proline Zero 1.6.1 et nous n'arrivons pas à accéder au recouvrement de séquence, qui est une donnée qui se trouve normalement dans l'onglet "Protein Sequence" lorsque l'on demande le "Protein Sets". Sous cet onglet il est marqué "Protein Sequence not available in database".

Pourriez-vous m'indiquer comment régler ce problème?

Cordialement,

Marie

C:\Proline-Zero-1.6.1\data\tmp\msparserj.dll: The application has failed to start because its side-by-side configuration is incorrect. Please see the application event log or use the command-line sxstrace.exe tool for more detail
{"code":-32002,"data":,"message":"C:\\Proline-Zero-1.6.1\\data\\tmp\\msparserj.dll: The application has failed to start because its side-by-side configuration is incorrect. Please see the application event log or use the command-line sxstrace.exe tool for more detail"}
at com.thetransactioncompany.jsonrpc2.JSONRPC2Parser.parseJSONRPC2Response(JSONRPC2Parser.java:540)
at com.thetransactioncompany.jsonrpc2.JSONRPC2Parser.parseJSONRPC2Message(JSONRPC2Parser.java:287)
at com.thetransactioncompany.jsonrpc2.JSONRPC2Message.parse(JSONRPC2Message.java:137)
at com.thetransactioncompany.jsonrpc2.JSONRPC2Message.parse(JSONRPC2Message.java:99)
at fr.proline.studio.dpm.task.jms.ImportIdentificationTask.taskDone(ImportIdentificationTask.java:144)
at fr.proline.studio.dpm.task.jms.AbstractJMSTask.onMessage(AbstractJMSTask.java:182)
at org.hornetq.jms.client.JMSMessageListenerWrapper.onMessage(JMSMessageListenerWrapper.java:103)
at org.hornetq.core.client.impl.ClientConsumerImpl.callOnMessage(ClientConsumerImpl.java:1116)
at org.hornetq.core.client.impl.ClientConsumerImpl.access$500(ClientConsumerImpl.java:56)
at org.hornetq.core.client.impl.ClientConsumerImpl$Runner.run(ClientConsumerImpl.java:1251)
at org.hornetq.utils.OrderedExecutorFactory$OrderedExecutor$1.run(OrderedExecutorFactory.java:104)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1142)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:617)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)

Merci d'avance pour votre réponse.

P.S. : L'ordinateur fonctionne sous Windows 7 et 64 bits

Cordialement

Nous testons actuellement le produit Proline dans le but de produire des analyses qualitatives et quantitatives.
Actuellement nos analyses sont faites avec un logiciel commercial et nous aimerions basculer vers votre produit.
Cependant il nous manque, ou nous n'avons pas trouvé, les méthodes de quantification relatives Empai, NSAF, IBAQ.
Le produit dispose t-il des post tests de Benjamini-Hochberg, Bonferonni ou autres. Votre nouvelle version propose-t-elle les ACP et les HeatMap?

Je suis novice et je découvre Proline. Je teste actuellement la version 1.6 en mode serveur et j'utilise Proline studio comme client.

Pourriez-vous, s'il vous plait, me préciser ce que vous entendez par le merge des données?

Dans quel cas faut-il les merger?

En effet, l’exécutable de R accessible par défaut dans Studio est la version 64bits.
Une nouvelle distribution va être faite et mise à disposition. Néanmoins, pour corriger ce problème il vous suffit :

• d' aller dans le répertoire ...\prolinestudio\R\bin de Proline Studio
• de renommer le fichier R.exe en R.exe.64
• de copier le fichier ...\prolinestudio\R\bin\i386\R.exe dans le répertoire \prolinestudio\R\bin