En effet, il faut qu'on mette la doc à jour sur ce point !

La règle qui est utilisée est 

* si on est en bases concaténées OU si bases séparées mais utilisation d'un filtre sur le rang => alors on utilise la formule 2 x nbDecoy / (nbDecoy + nbTarget)

* sinon on utilise la formule nbDecoy /nbTarget

Bonne Journée

Véronique

En regardant d'un peu plus prêt les calculs de FDR faits dans Proline Studio (je suis sur la version 2.0), j'ai l'impression que le calcul réalisé pour une validation avec un FDR de 1% au niveau PSM utilise la formule pour les bases concaténées alors que j'ai fait une recherche decoy en base séparées.

FDR de 1 % : pour 108 PSM decoy et 21633 PSM target (soit plutôt 0.5% avec la formule utilisée pour des bases séparées).

J'ai bien vérifié, dans la page propriétés le mode target decoy est bien "separated".

Je ne comprends pas trop!

Merci pour vos explications! Très bonne journée,

Emmanuelle