L'objectif de cette configuration est de permettre à Proline de retrouver l'identifiant de la protéine dans l'en-tête du fichier fasta afin de faire le lien entre les protéines importées dans Proline et celles décrites dans les fasta. De le même manière que l'on définit les "rules" dans Mascot.

Voici un post qui décrit la configuration :  http://www.profiproteomics.fr/forum/general-utilities/parsing-rules-for-sequence-repository/#post-8

Et une fois configurée, vous pouvez exécuter la commande : 

>run-TestConfiguration.bat 

pour tester la configuration. Ceci est décrit dans la documentation d'installation, dans la partie "Sequence Repository":  http://www.profiproteomics.fr/wp-content/uploads/2019/03/ProlineSuite_AdminGuide_2.0.docx.pdf#page=27

Si vous avez des difficultés pour cette partie,  nous pouvons vous aider si vous nous donnez un exemple d'entête fasta et l'ID qu'il faut extraire. 

Veronique

J'ai vérifié sous le répertoire Proline-Zero-1.6.1 et il y apparaît bien le répertoire PM-SequenceRepository-0.7.0.

Je ne reçois pas de messages d'erreurs lorsque je demande le "Retrieve Protein Sequence" cependant il n'apparaît pas les données souhaitées dans l'onglet "Protein Sequence".

Marie

Pourriez vous me dire dans quel cas vous vous trouvez ? 

"Pouvez-vous vérifier que sous le répertoire Proline-Zero-1.6.1 vous avez un répertoire PM-SequenceRepository-0.7.0 ?"

Et quel message d'erreur vous avez quand vous demandez le "Retrieve Protein Sequence"

Merci

Veronique

Je vous remercie pour votre réponse cependant les solutions que vous m'avez proposé n'ont pas fonctionné.

Auriez-vous d'autres solutions à me proposer?

En vous remerciant par avance pour votre réponse.

Bonne journée.

Marie

Je pense que vous utilisez un packaging de Proline sans SequenceRepository. Pouvez-vous vérifier que sous le répertoire Proline-Zero-1.6.1 vous avez un répertoire PM-SequenceRepository-0.7.0 ? 

• Si ce n'est pas le cas (absence du répertoire), il faudrait prendre une nouvelle version de Proline Zero :
  • version 2.0 : http://www.profiproteomics.fr/download/proline-zero-v2-0-windows-x64/
  • autre distribution de 1.6.1 : http://www.profiproteomics.fr/download/proline-zero-version-1-6-1-windows-x64/ . Dans ce cas, nous pouvons vous donner la procédure pour récupérer vos bases de données et ainsi ne pas perdre les données que vous avez déjà importées et traitées, si vous le souhaitez.
• Sinon ... il faudra investiguer plus. Mais tout d'abord avez-vous demandé la récupération des séquences ? : voir screenshot 

Bonne Journée

Véronique

Nous utilisons actuellement Proline Zero 1.6.1 et nous n'arrivons pas à accéder au recouvrement de séquence, qui est une donnée qui se trouve normalement dans l'onglet "Protein Sequence" lorsque l'on demande le "Protein Sets". Sous cet onglet il est marqué "Protein Sequence not available in database".

Pourriez-vous m'indiquer comment régler ce problème?

Cordialement,

Marie