Il est difficile de fournir une réponse précise à votre problème avec ces informations. Il faudrait que nous ayons davantage d'informations à la fois sur la préparation des échantillons mais aussi sur le paramétrage du moteur de recherche.

En attendant je peux vous recommander de vérifier au niveau des spectres MS si la masse sélectionnée pour les ions précurseurs posant problème est bien la masse de l'ion monoisotopique. Une erreur dans l'annotation de la masse de l'ion précurseur des spectres MS/MS pourrait fausser le calcul de la masse de la modification.

J'étudie le changement du protéome des protéines modifiées par un produit chimique substitué au carbone 13. J'ai majoritairement trouvé la modification attendue avec la masse à 149 Da. Cependant, j'ai également observé une autre modification à 150 Da de manière minoritaire. J'ai fait la recherche par Mascot et débrouillé les données par Proline Zero avec le FDR < 1% et le score>40.

Donc, pourriez-vous m'aider à expliquer pourquoi il y a aussi une autre modification avec la masse +1?

Merci beaucoup