Software installation - Proline Forum

Proline Zero packaged for 64 bits Linux OS

misbah — Fri, 13 May 2022 09:32:24 +0000

Hello,

Can you please send me Proline Zero packaged for 64 bits Linux OS?

Thank you

Misbah

Script error in Proline Admin 2.1.2

Véronique Dupierris — Mon, 10 Jan 2022 14:46:05 +0000

Warning: two scripts in Proline Admin distribution are not well written. You should modify these scripts to be able to use them.
Involved scripts are “run_cmd.bat” (or .sh) and “setup_proline.bat” (or .sh) where you will have to change proline-admin-${admin.version}.jar with proline-admin-gui-2.1.2.jar.
If you have any trouble, you should tell us and we will provide you with correct version of the script.

Can't access to new project :"Connector is ALREADY closed"

Véronique Dupierris — Mon, 15 Apr 2019 14:35:33 +0000

With Proline 2.0 (Server or Zero packaging) the following error occurs : "Connector is ALREADY closed", see screenshot CantAccessProject.png.

We have fixed it in version 2.0.1 of Proline ! Please download this latest version from Software>Download.

Puissance de PC pour le Proline Zero

khongminhthuong — Mon, 11 Mar 2019 09:04:57 +0000

Bonjour tout le monde, j'ai installé le Proline zero 2.0 sur mon ordinateur portable (sa configuration: RAM 4 Go, Intel (R) Core(TM) i5-7200U, CPU @ 2.5 GHz, 2701 MHz, 2 Cores, 4 Logicial Processors), mais ca fonctionne très lentement (pour importer des données il faut prendre 4 heures).

Donc je veux acheter un PC assez puissant pour travailler. Cependant je ne sais pas quel PC avec la quelle puissance je dois acheter pour que le Proline Zero fonctionne bien. Donc, pourriez-vous me donner des conseils concernant le PC aussi bien que sa puissane?

Je vous remercie par avance.

Bonne journée

Afficher les séquences des protéines

Daniel — Mon, 14 Jan 2019 16:36:35 +0000

Bonjour,

Je n'arrive pas à voir ma séquence lorsque je sélectionne une protéine bien que ma banque .fasta ajoutés au logiciel et que le "run-RetrieveService.bat" ou le "run-RetrieveOnDemand.bat" soit lancé.

Voici ma Sequence Repository pour une banque NCBI:

…

Pouvez-vous m'aider s'il vous plait.

Merci

local-fasta-directories =

…

parsing-rules = [{

name="NCBIprot_mammals",

fasta-name=,

fasta-version="NCBI(*)_.*.fasta",

protein-accession ="\\w{0}\\>(+)\\ "

{

name="label2",

…

AdminGUI on Linux: Could not find or load main class fr.proline.admin.gui.Main

Véronique Dupierris — Thu, 20 Sep 2018 12:01:00 +0000

When launching Proline Admin GUI under a linux system (using start.sh), the following error may occur :

"Could not find or load main class fr.proline.admin.gui.Main"

This is du to an incompatible Java distribution (OpenJDK), which do not integrate JavaFX packages.
To correct the probleme you could :

Install Oracle Java distribution (see Java Download page) Recommended
Or add openjfx to your current java installation

Comment définir le répertoire temp par défaut de Proline

Véronique Dupierris — Thu, 13 Sep 2018 09:34:33 +0000

Le serveur Proline utilise le répertoire temporaire de l'OS pour la création et le stockage de certains fichiers : fichiers pour la quantification XIC, les exports ...

Il est possible de modifier le répertoire utilisé. Pour cela il faut modifier le fichier start_cortex.sh (ou start_cortex.bat sous windows) et ajouter -Djava.io.tmpdir= dans la ligne de commande : java -Xmx4G...

Comment installer MS-Angel en mode client-serveur ?

Alexandre Burel — Tue, 17 Apr 2018 13:07:20 +0000

Je suis en train de tester MS-Angel en local dans l'optique de le déployer chez tout le monde au labo. Je suis parti du package complet (MS Angel + PWX + MongoDB) qui fonctionne très bien ainsi, par contre ça ne me convient pas trop de déployer cette version à tout le labo...

Au niveau fonctionnel, j'ai pu à peu près tout faire sauf ms data converter qui a échoué les deux fois que je l'ai testé. Je n'ai pas trop testé la fonction de validation et quantification, ni le real time monitoring, mais il n'y a pas de raisons que ça ne marche pas. Par contre, j'aimerai éviter de déployer un MS Angel full package chez tout le monde. Déjà parce que je n'ai pu le lier à Proline qu'en indiquant explicitement le mot de passe dans le fichier de configuration ; ce n'est pas très grave, mais ce n'est pas très propre. L'autre point qui m'embête c'est que j'aimerai éviter de démarrer un mongodb et un pwx chez chaque utilisateur (ils sont tous admin local, donc autant de possibilité d'avoir un problème spécifique chez chacun, sans compter que ça prend de la ram et qu'ils sont trèèès gourmands).

Pour éviter ça, je me suis dit qu'il fallait utiliser PWX sur un serveur à part, mais dans ce cas elles vont où les applications comme searchgui ? Les paths sont dans le fichier msangel.conf côté serveur, donc j'ai mis les applications côté serveur. Mais quand je démarre MS Angel côté client il me dit qu'il ne trouve pas les applications localement (logique car elles sont sur le serveur). Et si j'indique un chemin relatif, il va quand même générer un chemin absolu à partir du répertoire côté serveur.

Bref, qu'est-ce qui doit aller où pour que ça fonctionne ? Et est-ce qu'il y a une documentation déjà écrite ?

Autre point, dans un futur proche où je présenterai MS-Angel au labo, on me demandera un tuto pour que les utilisateurs puissent se familiariser avec toute la richesse des possibilités du petit ange :) . Est-ce qu'il y a déjà un tuto qui a été fait dans le cadre des workshops où il a été présenté ? Sinon je peux m'occuper de rédiger un tuto :)