👍

Ayant corrigé cela et après avoir redémarré Proline Server, les séquences des protéines ont pu être récupérées :)

Alexandre a vu juste, dans votre premier post vous avez mis un extrait du fichier de config :

local-fasta-directories =

…

parsing-rules = [{

   name="NCBIprot_mammals",

   fasta-name=,

   fasta-version="NCBI(*)_.*.fasta",

   protein-accession ="\\w{0}\\>(+)\\ "   

},

{

   name="label2",

Il faut donc soit supprimer cette entrée et laisser la règle par défaut qui doit exister plus dans le fichier (default-protein-accession =">(\\S+)") soit modifier votre entrée pour mettre protein-accession =">(\\S+)"

Bonne Journée

default-protein-accession =">(\\S+)"

Et vérifiez également que vous n'avez pas de règles annexes qui pourraient prendre le pas (les règles ajoutées dans parsing-rules).

D'après le log, il semble que la règle "\>(+)\ " soit appliquée, ce qui signifie qu'il va extraire tous les caractères entre le chevron de début et la première barre verticale ; comme vous n'avez pas de barre verticale dans votre fasta, c'est toute la ligne qui est prise en compte. Par conséquent, Proline va trouver la protéine "AAL58190.1 X-linked zinc finger protein, partial " et il ne pourra pas la faire correspondre à "AAL58190.1"...

Merci par avance pour votre aide. 

Le principe du module "Retrieve Protein Sequences" est d'aller chercher les protéines identifiées par votre moteur de recherche dans le fichier fasta correspondant. Par conséquent il faut s'assurer que la règle utilisée par le moteur de recherche corresponde à celle utilisée par Proline.

Si vous affichez les Protein Sets dans l'Identification Summary, vous devriez avoir une première colonne "Protein Set" contenant le numéro d'accession que le moteur de recherche à récupéré dans la banque. Pourriez-vous recopier quelques-un de ces numéros d'accession ? En fonction du format je pourrais vous indiquer comment modifier votre fichier de configuration.

Je vous remercie pour votre réponse, mais je n'arrive toujours pas à les afficher. Pouvez-vous m'aider sur le masque qu'il faut saisir.

Voici un extrait de ma première banque NCBI (NCBIprot_bos_taurus_20170705.fasta):

>AAL58190.1 X-linked zinc finger protein, partial
DEDLNVAE
>BAC54785.1 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 (mitochondrion)
MMLYIVFILSVIFVMGFVGFSSKPSPIYGGLGLIVSGGVGCGIVLNFGGSFLGLMVFLIYLGGMMVVFGYTTAMATEQYP
EIWLSNKAVLGAFVTGLLMELFMVYYVLKDKEVEVVFEFNGLGDWVIYDTGDSGFFSEEAMGIAALYSYGTWLVIVTGWS
LLIGVVVIMEITRGN
>BAA24780.1 MHC class I heavy chain, partial
RYFYTAVSRPGLGEPRFISVGYVDDTQIARFDSDAWNPRMEPRAPWMEQKGPEYWEEMTRDAKEDQQRSQLCLNTLRGYY
NQSEAGSHTFQWMYGCDVGPDGRFLRGYRQDAYDGRDYIALNEDLRSWTAADTAAQITKRKWEAEGAAEGERNYLEGRCV
EWLRRYL
>AAL16079.1 orphan nuclear receptor DAX-1, partial
GTVLFNPDLPGLQCVKYIQGLQWGTQQILSEHVRMTHGVYRARFAELNSALFLLRFISANTLAELFLRPI
>AAB25015.1 multicatalytic proteinase complex 21kda fragment, MPC 21kda fragment
XXXLAFKFRHGVIVAA
>BAA24730.1 MHC class I heavy chain, partial
RYFSTAVSRPGLEEPRFIIVGYVDDTQFVRFDSDSPNPRAEPRAPWMEQEGPEYWDEQTRIVKDTAQTFRANLNTALGYY
NQSEAGSHNIQAMYGCDVGSDGSFLRGYSQDAYDGRDYIALNEDLRSWTAADTAAQITKRKWEAEGYAESLRNYLEGTCV
EWLRRYL

Et voici le masque que j'ai rentré dans le fichier de configuration : 

parsing-rules = [{

   name="NCBIprot_mammals",

   fasta-name=,

   fasta-version="NCBI(*)_.*.fasta",

   protein-accession ="\\w{0}\\>(+)\\ "   

}

Voici le résultat du test pour une banque mammals:

23 janv. 2019 13:58:17.940 DEBUG fr.proline.module.seq.Constants - Using 4 thread(s)
23 janv. 2019 13:58:17.955 DEBUG f.p.m.seq.service.FastaPathsScanner - Scanning
23 janv. 2019 13:58:17.955 INFO f.p.m.seq.service.FastaPathsScanner - scan terminated
23 janv. 2019 13:58:17.955 DEBUG f.p.m.seq.service.FastaPathsScanner - Number of traversed dirs: 1
23 janv. 2019 13:58:17.955 INFO f.p.m.seq.service.FastaPathsScanner - Found FASTA file names: 1
23 janv. 2019 13:58:17.955 INFO f.p.m.seq.service.ListMatchingRules - ---- Scanning Fasta local path ----
23 janv. 2019 13:58:17.955 DEBUG f.p.m.seq.config.ParsingRuleEntry - matches Fasta Name Regex "NCBIprot_mammals"
23 janv. 2019 13:58:17.955 INFO f.p.m.seq.service.ListMatchingRules - Using rule "\>(+)\ " for "NCBIprot_mammals.fasta"
23 janv. 2019 13:58:17.955 INFO f.p.m.seq.service.ListMatchingRules - Release (using rule "NCBI(*)_.*.fasta") = "prot"
23 janv. 2019 13:58:17.955 INFO f.p.m.seq.service.ListMatchingRules - Accession "NP_005711.1 actin-related protein 2/3 complex subunit 1B XP_006715888.1 actin-related protein 2/3 complex subunit 1B isoform X1 XP_006715889.1 actin-related protein 2/3 complex subunit 1B isoform X1 XP_008966940.1 actin-related protein 2/3 complex subunit 1B XP_024302396.1 actin-related protein 2/3 complex subunit 1B isoform X1 XP_024302397.1 actin-related protein 2/3 complex subunit 1B isoform X1 O15143.3 RecName: Full=Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B; AltName: Full=Arp2/3 complex 41 kDa subunit; AltName: Full=p41-ARCAAB64189.1 p41-Arc AAH02562.1 Actin related protein 2/3 complex, subunit 1B, 41kDa AAH07555.1 Actin related protein 2/3 complex, subunit 1B, 41kDa AAH02988.2 Actin related protein 2/3 complex, subunit 1B, 41kDa EAL23882.1 actin related protein 2/3 complex, subunit 1B, 41kDa EAW76677.1 actin related protein 2/3 complex, subunit 1B, 41kDa, isoform CRA_a EAW76678.1 actin related protein 2/3 complex, subunit 1B, 41kDa, isoform CRA_a EAW76679.1 actin related protein 2/3 complex, subunit 1B, 41kDa, isoform CRA_a ...

Merci pour votre aide.

Si le script run-RetrieveOnDemand.bat est en cours d'exécution, il faut ensuite faire un clic droit sur le dataset souhaité dans Proline Studio, et cliquer sur "Retrieve protein sequences".

Dans le cas du script run-RetrieveService.bat, cette opération est faite automatiquement à intervalle de temps régulier (il me semble que par défaut c'est toutes les deux heures).

Dans les deux cas, on va alors chercher le fichier fasta correspondant à l'analyse dans le répertoire indiqué (dans votre cas C:\ProlineServer-1.6\data\fasta), et extraire les séquences des protéines validées.

Enfin, il faut vous assurer que la règle de parsing corresponde à celle utilisée par le moteur de recherche. Par défaut on sélectionne le texte contenu entre le chevron de départ et le premier espace.

Je n'arrive pas à voir ma séquence lorsque je sélectionne une protéine bien que ma banque .fasta ajoutés au logiciel et que le "run-RetrieveService.bat" ou le "run-RetrieveOnDemand.bat" soit lancé.

Voici ma Sequence Repository pour une banque NCBI:

…

Pouvez-vous m'aider s'il vous plait.

Merci

local-fasta-directories =

…

parsing-rules = [{

   name="NCBIprot_mammals",

   fasta-name=,

   fasta-version="NCBI(*)_.*.fasta",

   protein-accession ="\\w{0}\\>(+)\\ "   

},

{

   name="label2",

…