J'ai pas mal de soucis avec la quantification label free dans proline.

Dans un 1er temps, j'ai eu ce message : Error while quantifying the dataset because Unable to acquire JDBC Connection. Le problème a pu être réglé en créant un nouveau projet et en refaisant l'import, la validation et la quantification dans ce nouveau projet. Comme ça fonctionnait dans ce nouveau projet, j'ai voulu faire la quantification d'une autre analyse. Cette fois, j'ai eu ce message :

Error while quantifying the dataset (java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException)

{"code":-32002,"data":[],"message":"Error while quantifying the dataset (java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException)"}

Qu'est ce que je dois faire pour corriger ce problème et aller au bout de ma quantification?

Merci!

Aurelie

Can you please send me Proline Zero packaged for 64 bits Linux OS?

Thank you

Misbah

Je cherche à quantifier une analyse Silac avec Proline, j'ai interrogé sous Mascot avec K 13:C et R 13:C en modif variable.

Dan Proline Studio il me demande "residus labeling parameters" pour le Heavy je rentre les modifications préalablement citées et pour le Light je ne mets rien. Pour les paramètres de recherche de pic recherche à 10ppm, delta RT 15s (clustering), map alignement 600s, pas de normalisation et cross alignement feature mapping 10ppm 60s. Il me met le message d'erreur suivant : "Error while quantifying the dataset because requirement failed: mergedIdentRsmIdOpt is not defined"

Pourriez vous m'aider à identifier le problème svp?

Merci.

Anne-Aurélie

• Mascot Modification: Propionyl on S / T  with different 'group'.
• Add Modification: Propionyl_ST on S / T in same group.

In Proline, after importing and running some process on a dataset corresponding to a Mascot search (B.dat) using Propionyl_ST, the modification associated with a peptide is "Propionyl (S1)" and not "Propionyl_ST (S1)"

--- 

Here is the explanation why this occurs. This problem is not fixed yet.

When you import a file A.dat with  Propionyl (S) and Propionyl (T) as variable PTMs and peptides with one of this modification, Proline

• creates a PTM object “Propionyl (S)” (idem for (T) ...)
• creates a peptide with a link to that PTM and with a “readable_PTM” property = “Propionyl (S1)”

When you import your new file B.dat, with  Propionyl_ST (ST) as variable PTM, and peptides with this modification : 

• before creating the PTM objects, Proline will verify that these PTMs do not already exist in your project. In this case,  Propionyl_ST in B.dat is the same PTM as  Propionyl in A.dat (same delta mass, same composition H(4) C(3)).
  So there is no new PTM created.
• during the import, the “readable_ptm” of the peptide is created from information read in the B.dat file. The readable_ptm = “Propionyl_ST (S1)” in the dataset from B.dat. So you don’t see that the PTM associated to this peptides is “Propionyl (S)” and not “Propionyl_ST (S)”. This is not a problem, PTMs are identical  !

Now, when you create a new dataset from the dataset “B.dat”, by merging it or using it for a quantitation.  The peptide’s “readable_ptm” property in this new dataset is created from the PTMs associated to the peptide. Here, it will use "Propionyl (S)" so the “readable_ptm” property of the peptide will be “Propionyl (S1)”.

I finnaly find how to interrogate dabases/ spectra with unspecific leavage on SearchGUI. Nevertheless, the output files were not read by Proline. When I tried to import it, I have this error message : code 32002"reqirement failed : unexpected number of enzyme"

Is there an additional action to do on proline to authorize the search?

Thanks a lot,

Regards,

Chloé

I regularly use proline for proteomic analysis.

I would like to use it for peptidomic analysis, and, in SearchGui, it is not possible to choose "No enzyme". Do you have an idea of the parameters to use if we want to search extreted peptides in sample without any digestion step?

More and more peptidomic studies coming out and it is unclear about how they perform the search. I would like to know if you have already think about that and what would be the possibilities offer by proline to process this kind of samples?

Thank alot for your answer,

Regards,

Chloé

J'étudie le changement du protéome des protéines modifiées par un produit chimique substitué au carbone 13. J'ai majoritairement trouvé la modification attendue avec la masse à 149 Da. Cependant, j'ai également observé une autre modification à 150 Da de manière minoritaire. J'ai fait la recherche par Mascot et débrouillé les données par Proline Zero avec le FDR < 1% et le score>40.

Donc, pourriez-vous m'aider à expliquer pourquoi il y a aussi une autre modification avec la masse +1?

Merci beaucoup