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(@daniel)
Active Member
Joined: 1 mois ago
Posts: 12
07/02/2019 10:33  

Bonjour,

Nous testons actuellement le produit Proline dans le but de produire des analyses qualitatives et quantitatives.
Actuellement nos analyses sont faites avec un logiciel commercial et nous aimerions basculer vers votre produit.
Cependant il nous manque, ou nous n'avons pas trouvé, les méthodes de quantification relatives Empai, NSAF, IBAQ.
Le produit dispose t-il des post tests de Benjamini-Hochberg, Bonferonni ou autres. Votre nouvelle version propose-t-elle les ACP et les HeatMap?


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(@christophe)
Member Admin
Joined: 1 mois ago
Posts: 5
08/02/2019 6:01  

Bonjour, 

Il existe effectivement de multiples facon de corriger les valeurs d'abondance. Le choix que nous avons fait dans Proline c'est de laisser l'accès à certains informations necessaires comme par exemple le nombre de peptides observables. Donc pour emPAI et IBAQ  vous pouvez par vous meme calculer ces valeurs en en utilisant le nombre de peptides observables, sous dans excel soit directement dans Proline via la Data Analyzer. Ce nombre de peptides nécessite d'avoir demander à récupéré les séquences protéiques au préalable (clic droit, "retrieve sequences" pour un dataset donné).  Pour NSAF nous n'avons pas ajouté la longueur des protéines dans les tableaux cette valeur ne pourra donc qu'être approximée.

En utilisant le Data Analyzer vous aurez accès à différents tests statistiques mais également aux méthodes de correction des pValue type Benjamini-Hochberg. Pour le il n'y a pas d'ACP ou de HeatMap dans le Data Analyzer, mais globalement les méthodes proposées dans le  Data Analyzer sont quelques unes de celles disponibles dans ProStaR (version 1.8 de mémoire). Si vous voulez pousser plus loin l'analyse statistique et vous pouvez aussi utiliser directement ProStaR ( http://www.prostar-proteomics.org/) qui sera une version à jour et plus complète. 

 


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(@daniel)
Active Member
Joined: 1 mois ago
Posts: 12
13/02/2019 11:03  

Merci pour toutes vos réponses.


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