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Merge?  

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(@daniel)
Active Member
Joined: 6 mois ago
Posts: 12
09/01/2019 2:52  

Bonjour,

Je suis novice et je découvre Proline. Je teste actuellement la version 1.6 en mode serveur et j'utilise Proline studio comme client.

Pourriez-vous, s'il vous plait, me préciser ce que vous entendez par le merge des données?

Dans quel cas faut-il les merger?


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(@christophe)
Member Admin
Joined: 6 mois ago
Posts: 5
09/01/2019 5:38  

Bonjour, 

L'opération de merge consiste à faire combiner entre elles plusieurs résultats d'identifications. Basiquement cela consiste donc à réunir tous les matchs spectre-peptide (les PSM) que l'on a dans les datasets du niveau inférieur de la hiérarchie pour créer un nouveau dataset qui contient donc la réunion de tous ces PSMs et dans lequel l'inférence des protéines identifiées sera faite sur la base de cette nouvelle liste de PSM. Ensuite il y a des variantes :

  • selon que l'on "merge" des datasets déjà validés ou non: s'ils sont validés on part uniquement des PSM qui ont été déterminés comme valide, si les datasets ne sont pas valides on part de la liste de tous les PSM proposés par le moteur d'identification.
  • selon que l'on choisi de "réunir" les PSM par union ou par aggregation. Par union on copie tous les PSM des datasets de niveau inférieur dans le dataset mergé, alors qu'en aggrégation on créer un seul PSM représentant par peptide identifié (un peptide etant une sequence + ses PTMs)

Vous trouverez plus de détails sur ces opérations dans la documentation en ligne ( http://www.profiproteomics.fr/software/doc/1.6/#id.lnxbz9) mais si jamais je ne suis pas clair n'hésitez pas à le dire 

On merge des datasets lorsque l'on veut avoir une vision non redondante des protéines que l'on a identifié. Par exemple si on fait 3 réplicats d'un meme échantillon on peut vouloir obtenir une seule liste (et non pas 3 listes) exhaustive des protéines identifiées avec leurs peptides, que ces peptides aient été identifiés dans la manip 1, 2 ou 3. Il y a d'autres cas d'usage possible bien entendu ce n'est qu'un exemple.

Christophe


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(@daniel)
Active Member
Joined: 6 mois ago
Posts: 12
25/01/2019 8:50  

Parfait, je vous remercie pour ces précisions.

 


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