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Normalisation des données XIC [From Previous Forum]  


(@vero)
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Bonjour,
J'ai deux questions au sujet de la normalisation pour la quantification en XIC : 

1/ Je souhaiterais faire une normalisation des données par la médiane des ratios mais je ne trouve pas cette option dans l'outil de normalization du Data Analyzer. J'ai les options suivantes : Global rescaling / Median centering / Mean centering / Mean centering scaling. Où puis-je la trouver ? 

2/ Par ailleurs, est-il possible de faire une normalisation sur un sous-ensemble de protéines que l'on pourrait définir (par exemple un mélange de peptides que l'on aurait spiké en quantité équivalente dans tous les échantillons d'un projet ? 

Merci pour votre aide, 
Solenne


Bonjour

1/ la mediane des ratio ne se fait pas via le data analyzer mais via le process Refine protein sets abundances (clic droit sur un XIC de l'arbre)
dans ce cas :

  • pour une normalization sur les ions --> onglet Pep. configuration --> cocher la case Apply Normalization (median)
  • pour une normalization sur les protein sets après agrégation --> onglet Prot. configuration --> cocher la case Apply Normalization (median)

si tu utilises ces options, la normalization via le DataAnalyzer est en générale inutile --> à vérifier via les graphs

2/ une normalisation a façon n'est pour l'instant pas possible : est ce que ce sont des peptides standards (type iRT) que tu utilises ?

Anne-Marie


Bonjour Anne-Marie, 
Merci pour ta réponse. 
1/ Habituellement, je ne normalise pas sur les protein sets, uniquement sur les peptides. Est-ce que vous recommandez de normaliser aussi sur les protéines après agrégation ? 
Si je normalise sur les peptides via le refine, ça correspond à la médiane des ratios donc ? 

2/ Oui, ce sont effectivement des iRT. Il se pourrait que dans de futurs projets je souhaite me baser sur d'autres protéines ou peptides mais les iRT déjà ce serait top.

Solenne


En fait, je pense que j'ai fait une confusion, quand je normalise dans le Data Analyzer à partir des données de XIC Protein sets, c'est sur les protéines que je normalise. je ne normalise pas avant sur les peptides. Est-ce que vous recommandez de faire les 2 ou plutôt un seul ? lequel ?

Solenne


il est en général plus judicieux de normaliser au plus bas niveau avant aggrégation
très souvent la normalisation ions/peptides du refine suffit à avoir des données très correctes

Anne-Marie


C'est noté, merci pour ta réponse.

Solenne

 

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