Différences de quantification entre versions 1.5 et 2.0

Bonjour,
je compare les résultats de quantification label-free entre la version 1.5 et la version 2.0 de Proline Studio pour un même set de données et les mêmes identifications. J'ai essayé de définir le maximum de paramètres de la version 2.0 identiques à ceux que j'avais dans la version 1.5 (possibilité de les envoyer). Les résultats d'abondance sont identiques pour une bonne moitié des protéines mais pour les autres on observe un taux de variation entre les 2 versions pouvant aller jusqu'à ± 50%.
Est-il possible d'obtenir les mêmes résultats de quantification entre la version 1.5 et la version 2.0 ? Si oui, comment ? Si non, est-ce lié à des paramètres intrinsèques ?
Merci d'avance.