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Quantification Silac

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(@aa_ray)
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Inscription: Il y a 8 mois
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Début du sujet  

Bonjour,

Je cherche à quantifier une analyse Silac avec Proline, j'ai interrogé sous Mascot avec K 13:C et R 13:C en modif variable.

Dan Proline Studio il me demande "residus labeling parameters" pour le Heavy je rentre les modifications préalablement citées et pour le Light je ne mets rien. Pour les paramètres de recherche de pic recherche à 10ppm, delta RT 15s (clustering), map alignement 600s, pas de normalisation et cross alignement feature mapping 10ppm 60s. Il me met le message d'erreur suivant : "Error while quantifying the dataset because requirement failed: mergedIdentRsmIdOpt is not defined"

Pourriez vous m'aider à identifier le problème svp?

Merci.

Anne-Aurélie


   
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(@vero)
Membre Admin
Inscription: Il y a 5 ans
Posts: 38
 

Bonjour Anne-Aurélie,

En effet, j'ai pu reproduire le problème. Je suppose que pour lancer la quantification, vous cliquez-droit sur l'icone "Quantitations" dans l'arbre du bas à gauche... Par conséquent, on (dans le code de Proline) devrait créer un dataset d'identification de référence. A première vue on a un problème à ce moment-là. Je vais regarder.

En attendant pour contourner le problème, vous pouvez lancer la quantification à partie de l'arbre d'identification (en haut à gauche):

Pour cela, il faut faire un clique-droit sur le dataset à quantifier et choisir "Quantify > Residue Labelling"  dans le menu. Dans ce cas, ce sera le dataset de départ (celui sur lequel vous avez cliquez) qui sera le dataset d'identification de référence.

A noter que c'est parfois préférable d'utiliser ce chemin pour lancer une quantification, notamment lorsque l'on veut partir du travail de validation qui a été réalisé au préalable. Mais c'est surtout pour les quantifications Label Free où plusieurs datasets sont quantifiés...

J'espère avoir répondu à votre problème. Si ce n'est pas clair ou si un autre problème apparait, n'hésitez pas !

Bonne Journée

Ce message a été modifié Il y a 8 mois parVéronique Dupierris

   
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